陽離子聚丙烯酰胺在制藥廠廢水處理可以使用，其效果一般是沉淀水中的雜質，因為制藥廠廢水有抗生素等成分，隨意排放對水質影響非常大，需要進行各工藝分階段處理。制藥廠廢水的來源來自制藥廠，包括工藝廢水,機修、沖洗廢水，生活污水等。
制藥廠的污染不亞于印染行業。其水質比較復雜，污水中含有有毒有害難以降解的有機物質。如果說直接排放的話，將直接影響環境。制藥廠廢水的水質一般應設調節池，調節水質水量以及pH，然后再選用陽離子聚丙烯酰胺進行污泥脫水，且根據實際情況處理，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。
陽離子聚丙烯酰胺(CPAM)是線型高分子化合物，由于它具有多種活潑的基團， 可與許多物質親和、吸附形成氫鍵。主要是絮凝帶負電荷的膠體，具有除濁、脫色、吸附、粘合等功能， 適用于染色、造紙、食品、建筑、冶金、選礦、煤粉、油田、水產加工與發酵等行業有機膠體含量較高的廢水處理，特別適用于城市污水、城市污泥、造紙污泥及其它工業污泥的脫水處理。
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